Cztery kompanijne centra wydobywcze powstały w czasach wiceministra gospodarki Pawła Poncyljusza (Prawo i Sprawiedliwość). Każde z nich skupiało po kilka kopalń. Oficjalnie miały służyć usprawnieniu funkcjonowania Spółki, m.in. w zakresie sprawniejszego i szybszego rozstrzygania przetargów na środki ochrony osobistej czy narzędzia. W praktyce jednak zdarzało się tak, że pracownicy centrów telefonowali do pracowników dyrekcji kopalń z najprostszymi problemami, bo sami nie potrafili ich rozwiązać. Co więcej, kilkuset świeżo zatrudnionym urzędnikom z centrów od początku przysługiwał przywilej 8 ton węgla deputatowego, gdy wielu innym grupom pracowniczym w tym samym czasie należało się tylko 6 ton. Podobne różnice dotyczyły wynagrodzeń.
Powstaniu centrów sprzeciwiała się Sekcja Krajowa Górnictwa Węgla Kamiennego NSZZ "Solidarność", podkreślając niewydolność i biurokratyczny charakter zmian wprowadzonych w lutym 2007 roku. Kolejne uchwały podejmowane przez władze Sekcji i kompanijnej "S", w których związkowcy domagali się powrotu do starego systemu zarządzania kopalniami, pozostawały jednak bez echa.
W 2009 roku pojawił się pomysł przekształcenia centrów wydobywczych w tzw. kopalnie zespolone. - To będzie dalszy ciąg bałaganu w Spółce, a raczej jego powiększenie poprzez tworzenie kolejnych niepotrzebnych struktur - komentowali związkowcy. Koncepcja nie weszła w życie, jednak Zarząd KW nadal bronił niewydolnej struktury administracyjnej. Powoływał się przy tym na narzucone przez Unię Europejską zasady księgowania: likwidując centra, Kompania obniżyłaby swoją wartość o ponad miliard złotych. Związkowcy pytali wówczas, czy samo stworzenie centrów nie było zatem próbą ukrycia strat KW przez ówczesne kierownictwo Spółki i samego wiceministra Poncyljusza?
O powrocie do starego systemu zarządzania Spółką i kopalniami zdecydowano na początku lipca ubiegłego roku. Teraz faktyczna władza (ale i odpowiedzialność) wraca w ręce dyrektorów.
Ile wyniosły straty spowodowane przez pięcioletni eksperyment z centrami? To pytanie najprawdopodobniej pozostanie bez odpowiedzi.
Równolegle do likwidacji centrów stworzono dwie, mniejsze struktury o charakterze zadaniowym: Centrum Logistyki Materiałowej i Centrum Usług Księgowych. Zajmą się one zaopatrzeniem oraz rachunkowością i księgowością.